Pro nastavení routeru mikrotik, lze využít buď www rozhraní nebo aplikaci Winbox. Aplikaci lze stáhnout na adrese http://www.mikrotik.com/download a k dnešnímu dni nejnovější verzi lze stáhnout z adresy http://download2.mikrotik.com/routeros/winbox/3.6/winbox.exe.
Pokud nastavíte na mikrotiku jiný port pro Winbox než je výchozí, zadáte adresu ve formátu <host name nebo IP adresa>:<port mikrotiku> např. 11.22.33.44:8292
Spuštění winboxu z příkazové řádky:
winbox.exe <hostname>:8292 <uzivatelské jméno> <heslo>